Dne 15. března 1939 nacisté obsadili zbytek českých zemí a vyhlásili Protektorát Čechy a Morava. Znovu docházelo k dalšímu exodu Romů, tentokrát směrem na Slovensko. Tento pohyb se však brzy zastavil. Německé úřady v odtrženém pohraničí nadále pokračovaly ve vypovídání Romů na protektorátní území, ale i tato praxe postupně ustala. Podle nadhodnocených údajů četnického ústředí žilo v tomto období na území protektorátu na 14 000 Romů.

Zákaz kočování – patová situace
Nejvýznamnějším protiroským opatřením se stala pro toto období vyhláška protektorátního ministerstva vnitra o zákazu kočování. Oběžníkem z 30. listopadu 1939 protektorátní ministerstvo vnitra informovalo zemské úřady v Praze a v Brně takto: „Podřízeným úřadům a orgánům buď uloženo vyzvati všechny (potulné) Cikány, aby se do konce ledna 1940 trvale usadili a zanechali kočování. Kočovnické listy buďtež jim odňaty. Kdo neuposlechne, bude zařazen do kárných pracovních táborů.“
Samotné usazení neprobíhalo bez problémů. Největší překážkou se stal postoj obcí, které se bránily usazení Romů a vypovídaly je mimo svůj obvod. Kritická situace nastala na některých místech především v noci z 31. ledna na 1. února, kdy se někteří kočovní Romové dostali do patové situace. Na jedné straně měli nařízeno usadit se, na straně druhé byli místními úřady vyháněni z místa, kde se chtěli usadit. Celá situace musela být vyřešena nařízením ministerstva vnitra z 13. února 1940, jímž byly obce odmítající usazení Romů ve svém katastru donuceny ustoupit a dovolit Romům usadit se. Zmíněný výnos ministerstva vnitra nařídil úřadům bez odkladu zajistit usazení Romů a uložil jim povinnost podávat pravidelné zprávy o jejich chování. Nově usazení Romové tak byli prakticky pod policejním dohledem. K prvnímu dubnu 1940 byl vypracován nový soupis, podle něhož žilo na území protektorátu 6540 Cikánů, kteří podle údajů ze září následujícího roku žili ve 464 obcích.

Kárné tábory jako preventivní opatření
Trestem za nedodržení zákazu kočování mělo být zařazení do kárného pracovního tábora. Tato internační zařízení sice formálně vznikla na základě vládního nařízení z 28. dubna 1939, ale nebyla až do srpna 1940 vytvořena. Přitom mnohé obce nespokojené s povinností usadit Romy na svém katastru v periodických zprávách o chování Romů volaly po zařazení romských mužů do těchto táborů. Problémy vyvstávaly především v otázce zajištění bydlení, a tak na mnohých místech Romové živořili v kočovných vozech či v provizorních objektech. Obce tyto problémy nechtěly řešit. Místní úřady ve většině zpráv tvrdily, že Romové řádně pracují a žijí. Přesto navrhovaly jako preventivní opatření možnost internace v kárných pracovních táborech.

Kárné pracovní tábory byly otevřeny 10. srpna 1940 v Letech u Písku a v Hodoníně u Kunštátu.
Do táborů měli být umístěni muži starší 18 let, kteří nemohli prokázat zdroj obživy, vyhýbali se práci nebo nedodržovali zákaz kočování. Pro úřady na jednotlivých místech tak vznikla možnost zbavit se „problémových“ Romů. Vězňové byli do tábora dodáváni okresními úřady, které regulovaly i množství Romů internovaných v kárných pracovních táborech. V seznamech těchto táborů byli Romové označováni velkým písmenem C. Podíl takto označených vězňů tvořil 10 až 25 procent všech internovaných. V obou táborech vězňové pracovali na stavbě silnic.
Dozorčími orgány v táborech byli protektorátní četníci a tábory byly řízeny protektorátními orgány. Nacisté schvalovali veškerá přijatá opatření s tím, že považovali internaci romských mužů v kárných pracovních táborech za přechodné období před zásadnějším řešením „romské otázky“. Až do roku 1942 tak byli ostatní Romové ponecháni v relativním klidu. Pouze periodické zprávy místních četnických stanic nás informují o tom, že Romové – pokud mají možnost – pracují a posílají děti do škol.